كان معبدا وثنيا وهيكلا بناه الامبراطور الروماني فيليب الحوراني في القرن الثالث قبل ميلاد المسيح ليكون معبدا للشمس. وهو من بقايا سكان بيروت القدماء الكنعانيين. تحول الى قلعة عسكرية ثم الى مركز علمي ثم تهدمت بيروت بفعل زلزال عنيف عام 635 م، وفتحها المسلمون عام 136هـ.
بني على أنقاض المعبد القديم في الحروب الصليبية عام 1110م في عهد بقدوين ملك القدس باسم كنيسة مار يوحنا المعمداني.
تسلمه المسلمون في عهد صلاح الدين الايوبي من الصليبيين (583 هـ 1187م).
استرده الصليبيون 690هـ، 1291م. في عهد الامير سنجر مولى الملك اشرف خليل بن السطان محمد بن قلاوون.. جدد بناءه حاكم بيروت زين الدين عبد الرحمن الباعوني سنة 764 ه. وادخل عليه فن البناء والهندسة الاسلامي. أنشأ المأذنة المرحوم موسى ابن الزيني في عهد الامير الناصر محمد بن الحنش عام 914ه. وانشىء الصحن الخارجي في عهد حاكم بيروت احمد باشا الجزار عام 1183هـ.
ثم انشأ السلطان عبد الحميد الغازي القفص الحديدي داخل الجامع المنسوب لمقام النبي يحيى وانشأ المنبر القديم عام 1305هـ. وفي عام 1328 هـ. ارسل السلطان محمد رشاد (الشعرة النبوية) الشريفة تقديراً لولاء اهالي بيروت ويفتح الصندوق للتبرك في 26 رمضان من كل عام باشراف آل الفاخوري.
انشأ المنبر الحالي من الرخام على نفقة ابراهيم الغندور المصري عام 1956م. وفي عام 1952 و 1954 و 1960م. جددت سقوفيته وترميم عام ونقوش اندلسية من قبل مديرية الاوقاف الاسلامية العامة في بيروت بمساهمة دار الاثار اللبنانية.
وصف الجامع
وفي ايام احمد باشا الجزار والي عكا في اواخر القرن الثامن عشر الميلادي اُلحقت بالجامع بعض الزيادات من الجهة الشمالية المؤدية الى الصحن وفتحت فيه بعض الابواب بهذه الجهة، كما بني في الصحن حوض ماء للوضوء وفوق الحوض قبة تحتها نقشية كتبت فيها ابيات من الشعر تشير الى تاريخ البناء، وعلى العمودين اللذين عند المدخل الغربي للجامع كتابة مملوكية. وكذلك توجد كتابة مماثلة على نقشية مثبتة فوق بابه المفتوح في الجهة الشرقية منه، وفي داخل الجامع مقام باسم النبي يحيى، هو عبارة عن قفص حديدي على اعلاه كتبت بعض الايات القرآنية وكتابة تشير الى ان هذا القفص هو هدية من السلطان عبد الحميد الثاني العثماني.
تعاقبت على الجامع اسماء اشتهر بها عند الناس في ازمنة مختلفة ففي العهد المملوكي كان اسمه جامع فتوح الاسلام وفي العهد العثماني كان اسمه جامع النبي يحيى وهو يسمى اليوم الجامع العمري الكبير وقد جرت العادة على اطلاق صفة العمري على كل جامع قديم لتوهم الناس انه بني في ايام الخليفة عمر بن الخطاب رضي الله عنه.
وفي الجهة الشرقية من الجامع غطاء ناووس قديم جعله المسلمون محراباً عليه كتابة يونانية قديمة معناها صوت الرب عند خرير المياه.
في بعض جدران الجامع نقائش بيزنطية واخرى عربية وكان فيه مكتبة باسم المكتبة العمرية لكنها لم تعد موجودة. الجامع العمري الكبير كغيره من مساجد وسط بيروت ناله من ويلات الحرب ما ناله، فتهدم جزء منه وخرّب جزء آخر، الى أن وضعت الحرب أوزارها الى غير رجعة. وكان دور أهل الخير في اعادة ترميم هذه المساجد التي كان الجامع العمري الكبير والذي تم ترميمه وتجديده على نفقة المحسنة الكويتية السيدة سعاد حمد الحميضي لذكرى والديها الحاج حمد صالح الحميضي وزوجته شيخة محمد سديراوي. الجامع العمري الكبير يلي جامع الامام الأوزاعي من حيث القدم، بل اننا لا نعدو الواقع اذا قلنا ان هذا الجامع هو أقدم الأبنية الأثريّة التي ما تزال قائمة على حالها في بيروت حتى اليوم، وقد أطلق عليه هذا الاسم تكريماً للخليفة عمر بن الخطّاب. ملامح التغييرات والتعديلات التي أدخلت عبر العصور على المسجد ـ الجامع، تؤكد على أن هذا النمط من التعديلات ليست بدعة جديدة، بل هي معتمدة عبر العصور لا سيما عند التوسعات الضرورية. وما حدث اليوم من توسعات ضرورية على بعض جوانب جامع الخاشقجي الواقع عند جبانة الشهداء في بيروت، انما استدعتها الضرورات الاجتماعية وفي مقدمتها التوسعات الخاصة بالتعزية وسواها. ثم ان التعديلات الأساسية التي طرأت على جامع المجيدية أضافت اليه جمالاً وتناسقاً معمارياً يخدم النمط المعماري العثماني، وليس نقيضاً له. وما طرأ من تعديلات جذرية على الجامع الأموي في بعلبك اعاده أجمل مما كان عليه في العهد الأموي الأول وما نراه نحن اليوم بدعة معمارية، تراه الأجيال اللاحقة بدعة حسنة وتعديلات أساسية كان لا بد من اجرائها..
. ان موضوع (أسلمة) المسجد العمري الكبير قد تجاوزه الزمن، فالأسلمة للمعبد الوثني القديم ابتدأت مع بداية الفتوحات الاسلامية لبيروت وبلاد الشام، ثم استمرت الأسلمة قبل وبعد السلطان صلاح الدين الأيوبي، لا سيما في عهد الملك الأشرف خليل بن السلطان محمد قلاوون الذي حرر بيروت وبلاد الشام من الصليبين في أيار عام 1291م. ومنذ عام 1291م استقر المسجد العمري الكبير جامعاً للمسلمين في بيروت وما يزال.
. ان الخصائص المعمارية الاسلامية في بيروت والعالم الاسلامي كانت ـ وما تزال ـ خصائص حضارية من أهم رموزها كبار المهندسين المسلمين عبر التاريخ الاسلامي. وليست التعديلات والاضافات التي نشاهدها اليوم التي أدخلت على الجامع العمري الكبير ليست سوى اضافات حضارية تنسجم مع الخصائص الحضارية للعمارة الاسلامية.
. جدد بناءه حاكم بيروت زين الدين بن عبد الرحمن الباعوني، وكان في الكنيسة صور فطلاها المسلمون بالطين، في عام 914هـ أنشأ المئذنة موسى ابن الزيني في عهد الأمير الناصر محمد بن الحنش، في عام 1067هـ عام أضاف عبد الله بن الشيخ ابراهيم الخطيب عدة غرف اليه، وفي عام 1183هـ في عهد حاكم بيروت أحمد باشا الجزّار أنشئ الصحن الخارجي، في عام 1305هـ أنشأ السلطان عبد الحميد الثاني القفص الحديدي داخل المسجد المنسوب لمقام النبي يحيى، تقول التقاليد الشعبيّة ان كف يوحنا المعمداني مدفونة في هذا المقام، كما أنشأ المنبر القديم. تعاقبت على الجامع أسماء اشتهر بها عند الناس في أزمنة مختلفة، ففي العهد المملوكي كان اسمه (جامع فتوح الاسلام) أي انتصار الاسلام وذلك عندما أخرج المماليك الصليبيين من البلاد، وفي العهد العثماني كان اسمه (جامع النبي يحيى)، أو (جامع سيدنا يحيى) وذلك لأحد احتمالين: الأول، تكرار الاسم الذي كان يُطلق عليه عندما كان كاتدرائيّة صليبيّة، والثاني، توهم وجود جزء من رفات النبي يحيى فيه. في سنت949 952 م قامت مديرية الأوقاف الاسلاميّة والمديرية العامة للآثار باجراء بعض الترميمات، وهو يعتبر من الأبنية الأثرية بموجب مرسوم جمهوري صادر في 16 حزيران 1936م، وحوالي منتصف القرن العشرين بني المدخل الرئيسي لهذا الجامع بالجهة الغربيّة منه على الطراز العربي وزُيّن بنقوش مرسومة بيد الفنان البيروتي علي العريس، في أثناء اضطراب الأمن في بيروت، تعرض الجامع للسرقة وأصيب بأضرار كبيرة، وحطّم الغوغاء أسماء الصحابة التي كانت في نقائشه الأثرية وتعطلت فيه الصلاة.