كان بناء هذا المسجد بأمر من السلطان سليمان القانوني ، تخليداً لذكرى ولده البكر شاه زاده محمد الذي توفى في مغنيسه وهو في سن الواحد والعشرين من عمره، وبدأ العمل في المسجد عام 1544، ووصفه سنان باشا فيما بعد بأنه أحد أعمال فترة تلمذته وكان سنه آنذاك 54 عاماً، واستغرق هذا العمل أربع سنوات وتبدو فيه المحاولات الأولى لسنان في معالجة مشكلة نصف القبة، وكيف تجاوز بمحاولته معالجة مشاكل قباب آيا صوفيا التي تساقطت بعد وقت قريب من إنشائها، وذلك عندما ابتكر النموذج المثالي للمبنى ذي القبة المركزية وأنصاف القباب الأربع الدائرة حولها.
ويبلغ ضلع مساحة المسجد 38 متراً مغطاة بقبة قطرها 19 متراً، تعتمد على أربع دعائم، ومن حول هذه القبة أربعة أنصاف قباب، ثم قبة صغيرة في كل ركن من أركان حرم المسجد، ويبلغ ارتفاع قمة القبة الرئيسية عن ارض المسجد 37 مترا، وتبلغ المسافة بين كل دعامة والتي تليها 16.52 مترا، وقد زيد في امتداد انصاف القباب الاربع بإضافة حنية ركنية على جانبي كل نصف قبة، ومن التجديدات الاساسية التي ظهرت عند تصميم انصاف القباب، انها اقل قليلا من نصف قبة كاملة، وان الدعائم اكثر رقة بفضل التصبيعات والتضليعات التي عملت بها واعطتها هيئة انابيب الارغن، ام الشادروان وبوائك الصحن المحيطة به وقبابها الست عشرة واعمدة البوائك ا لاثني عشر، فتكون وحدة لها منظور معماري قوي التأثير، وللمسجد مئذنتان عند ركنية المجاوران للصحن ولكل مئذنة مطافان للمؤذن، وترتفع الواحدة بمقدار 41.50 مترا، وتظهر حوائط المسجد من الخارج وكأن الواحدة منها تلي التي في خلفها وترتكز على قمتها، حتى لتبدو هيئة المسجد وكأنها هرم مدرج، وظهرت بهذا الانشاءات الضخمة القوية كأسلوب جديد متطور، وقد اعطى المهندس سنان قدرا واضحا من الزخرفة والتفاصيل المعمارية للمآذن ويعتبر جامع شاه زاده على جانب كبير من الأهمية، اذ يمثل بداية حقيقية للمعماريين الذين جاءوا بعد سنان، باعتباره اضخم وارحب المجمعات ا لمعمارية التي ابتكرها هذا المهندس العبقري .