ويعد حليب البقر والبيض وفول الصويا والفول السوداني والمأكولات البحرية ودقيق القمح من أكثر مسببات الحساسية شيوعًا المرتبطة بالتهاب المريء التحسسي. ويشتبه في أن الأسباب الجينية مسؤولة جزئيًا عن رد الفعل التحسسي هذا.
ويساعد تجنب مسببات الحساسية أولًا في تخفيف الأعراض. ويتعين على الآباء تقديم الأطعمة اللبنية والسائلة لتسهيل عملية البلع لدى الأطفال. وبعد بضعة أسابيع يقرر الطبيب ما إذا كان بإمكان الطفل العودة ببطء إلى نظام غذائي مختلط عادي.
وفي بعض الأحيان، يصف طبيب الأطفال أيضًا الستيرويدات القشرية لمنع النسيج الندبي من التطور في المريء.